UIN Maulana Malik Ibrahim Malang —sejak berstatus STAIN—membuka Program Pascasarjana tingkat Magister (S2), yakni Magister dalam Ilmu Agama Islam pada tahun ajaran 1999/2000. Pembukaan program tersebut berdasarkan SK Menteri Agama RI No: 84 Th. 1999 tentang Penyelenggaraan Program Studi Pascasarjana (S-2). Pada Tahun 2005, UIN Maulana Malik Ibrahim Malang memperoleh izin pembukaan Program Studi Magister (S2) Manajemen Pendidikan Islam dan Pendidikan Bahasa Arab dengan SK Dirjen Kelembagaan Agama Islam Nomor: DJ.II/55/2005 Program Doktor (S3) dibuka mulai Tahun Akademik 2007-2008 setelah memperoleh izin dari Dirjen Pendidikan Islam Nomor: DJ/450/2006. Selanjutnya dikembangkan pula program studi-program studi lainnya untuk merespon dan memenuhi kebutuhan masyarakat.