Universitas Islam Negeri Maulana Malik Ibrahim Malang dikembangkan berdasarkan cita-cita mulia di kalangan akademisi dan cendekiawan muslim untuk membangun dan mewujudkan generasi muslim yang benar-benar mampu membawakan citra Islam yang sejati, yang mencerminkan universalitas dan signifikansi Islam di tengah-tengah kehidupan umat manusia yang mendambakan kesejahteraan lahir-batin, kebahagiaan dunia-akhirat. Generasi yang ingin diwujudkan memiliki pula kecakapan membangun peradaban dengan berpegang teguh kepada prinsip-prinsip hidup yang wajar dan unggul, seperti keadilan, kebenaran, kebaikan, kedamaian, keteraturan, kenyamanan, persamaan, pluralitas, dan toleransi. Dalam konteks pendidikan, pencerminan Islam tersebut teraktualisasikan pada profil kepribadian muslim ideal yang seimbang antara aspek intelektualitas dan aspek moral-spiritual, sosial dan individual, dan mengabdi kepada agama, masyarakat, dan bangsa secara kreatif dan penuh tanggung jawab.

Paling tidak ada tiga alasan strategis yang mendasarinya, yaitu alasan ideologis, alasan filosofis, dan alasan sosio-psikologis. Secara ideologis, Islam merupakan agama serba-mencakup (all-sufficient), yang utuh, holistik, dan universal. Oleh karena itu, tidak selayaknya ada pemisahan antara ilmu agama dan ilmu pengetahuan umum, seperti halnya yang berjalan di dunia pendidikan dan persekolahan sekarang ini, termasuk di dalam penyelenggaraan pendidikan di PTAIN. PTAIN saat ini hanya mengembangkan jurusan/fakultas yang bersifat keagamaan—dan karenanya hanya menghimpun disiplin ilmu yang berkenaan dengan “keislaman”, seperti ushuluddin, syari’ah, tarbiyah, dakwah, dan adab.

Atas dasar pandangan dunia Islam yang integrated dan holistik di atas, maka pembukaan fakultas/jurusan/program studi non-keagamaan sudah dipandang sebagai kebutuhan yang mendesak. Alasan filosofisnya adalah pengembangan kepribadian manusia harus dilakukan secara komprehensif dan integral, meliputi aspek intelektual, spiritual, akhlaq, dan profesionalisme. Alasan sosio-psikologisnya adalah adanya kesan—dan ini akibat perlakuan atas pandangan dunia Islam secara sempit—bahwa lulusan PTAIN selama ini hanya dibekali kemampuan berpartisipasi di bidang pendidikan agama dan pengembangan bidang agama. Mereka memang tidak dibekali kemampuan dan keterampilan menjalankan fungsi-fungsi sosial yang lebih luas. Kehidupan masyarakat dalam kenyataannya tidaklah sederhana, dan ada kecenderungan semakin menunjukkan kompleksitasnya. Oleh karena itu, secara tidak terelakkan, diperlukan upaya terencana untuk mengembangkan sumberdaya manusia yang memiliki kompetensi tertentu untuk membimbing masyarakat serta membantunya dalam memecahkan berbagai persoalan hidup, mulai dari yang paling praktis hingga yang bersifat sangat intelektual-akademis.

Perguruan tinggi adalah lembaga yang secara khusus dirancang untuk membina-kembangkan generasi muda yang diharapkan dapat memperkuat masyarakat. Perguruan tinggi menjalankan fungsi regenerasi dengan kekuatan ilmu pengetahuan yang dikembangkan terus menerus, untuk menyesuaikan dengan perkembangan kebutuhan dan tuntutan masyarakat. Mengingat pentingnya aspek kecerdasan intelektual diintegrasikan dengan kecerdasasan emosional dan kecerdasan spiritual, maka UIN Maulana Malik Ibrahim Malang sebagai Perguruan Tinggi Agama Islam Negeri membangun kerangka pengembangan keilmuan, akademik, dan kelembagaan yang selaras. Pengembangan ilmu pengetahuan yang dijejak oleh UIN Maulana Malik Ibrahim Malang —dalam hal ini Program Pascasarjana—adalah berupa ilmu pengetahuan berbasis Islam (Islam based-knowledge) dalam pengertian yang luas, yakni ilmu pengetahuan yang tumbuh dan berkembang berdasarkan ayat-ayat kawniyah (alam semesta, yang secara epistemologis dijangkau dengan instrumen observasi, eksperimentasi, dan penalaran logis) dan ayat-ayat qawliyah (al-Qur’an dan al-Hadis). Profil atau model pengembangan ilmu UIN Maulana Malik Ibrahim Malang digambarkan dalam bentuk ”Pohon Ilmu” yang memiliki akar, dahan, cabang, dan ranting. Secara akademis, UIN Maulana Malik Ibrahim Malang —dalam hal ini Program Pascasarjana—menekankan sistem akademik yang relevan dan kuat untuk mendukung terwujudnya pengembangan ilmu pengetahuan sebagaimana dimaksudkan serta mewujudkan SDM yang memiliki kepribadian, kemampuan, dan keterampilan yang dibutuhkan untuk pengembangan masyarakat menuju kemajuan dan kesejahteraan. 

Dalam pengembangan kelembagaan, UIN Maulana Malik Ibrahim Malang —sejak berstatus STAIN—membuka Program Pascasarjana tingkat Magister (S2), yakni Magister dalam Ilmu Agama Islam pada tahun ajaran 1999/2000. Pembukaan program tersebut berdasarkan SK Menteri Agama RI No: 84 Th. 1999 tentang Penyelenggaraan Program Studi Pascasarjana (S-2). Pada Tahun 2005, UIN Maulana Malik Ibrahim Malang memperoleh izin pembukaan Program Studi Magister (S2) Manajemen Pendidikan Islam dan Pendidikan Bahasa Arab dengan SK Dirjen Kelembagaan Agama Islam Nomor: DJ.II/55/2005 Program Doktor (S3) dibuka mulai Tahun Akademik 2007-2008 setelah memperoleh izin dari Dirjen Pendidikan Islam Nomor: DJ/450/2006. Selanjutnya dikembangkan pula program studi-program studi lainnya untuk merespon dan memenuhi kebutuhan masyarakat, sehingga program studi yang diselenggarakan Pascasarjana UIN Maulana Malik Ibrahim Malang hingga saat ini meliputi:

Program Studi Magister terdiri atas 8 (delapan) Program Studi, yaitu:

1. Manajemen Pendidikan Islam;
2. Pendidikan Bahasa Arab;
3. Studi Islam;
4. Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah;
5. Pendidikan Agama Islam;
6. Al-Ahwal Al-Syakhsiyyah;
7. Ekonomi Syariah;
8. Bahasa dan Sastra Arab.

Program Studi Doktor terdiri atas 6 (tiga) Program Studi, yaitu:

1. Manajemen Pendidikan Islam;
2. Pendidikan Bahasa Arab; 
3. Pendidikan Agama Islam Berbasis Studi Interdisipliner;
4. Hukum Keluarga Islam;
5. Ekonomi Syariah; 
6. Studi Islam.

Dalam mengayunkan langkah strategis ke depan, Pascasarjana UIN Maulana Malik Ibrahim Malang bertekad untuk selalu komitmen pada keunggulan. Namun demikian, patut disadari bahwa dalam praktiknya peluang dan tantangan di era milenium ketiga ini tampak semakin kompleks.