Program Studi Magister Manajemen Pendidikan Islam (S2 MPI) merupakan salah satu konsentrasi dari Program Studi Ilmu Agama Islam, berdasarkan Surat Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia, Nomor 84 Tahun 1999, tentang Penyelenggaraan Program Studi Pascasarjana (S2) pada Seolah Tinggi Agama Islam Negeri Malang.

Dalam perkembangan selanjutnya, berdasarkan Keputusan Direktur Jenderal Kelembagaan Agama Islam Nomor DJ.II/55/2005, konsentrasi Manajemen Pendidikan Islam pada Program Studi Agama Islam dikembangkan menjadi satu program studi tersendiri dengan gelar M.Pd. dan sampai saat ini telah meluluskan belasan angkatan. Rata-rata alumninya sudah bekerja atau diterima di berbagai lembaga kajian, penelitian, konsultan dan satuan pendidikan di seluruh Indonesia