Program Doktor Pendidikan Agama Islam Berbasis Studi Interdisipliner (S3 PAI-BSI) Pascasarjana UIN Maulana Malik Ibrahim Malang didirikan dan diselenggarakan berdasarkan Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor: 41 TAHUN 2014 Tentang Izin Penyelenggaraan Program Studi Pendidikan Agama Islam pada Program Doktor Universitas Islam Negeri Maulana Malik Ibrahim Malang Tahun 2014, dengan nama ”Program Studi Pendidikan Agama Islam Berbasis Studi Interdisipliner (PAI-BSI)”.

Kehadiran Program Doktor PAI-BSI untuk merespon kebutuhan PAI yang berada di era globalisasi dewasa ini harus mampu memainkan perannya secara dinamis dan proaktif  dalam membawa perubahan dan memberikan kontribusi yang berarti bagi perbaikan umat Islam khususnya dan umat manusia pada umumnya, baik pada tataran intelektual teoritis maupun praktis.