Universitas Islam Negeri Maulana Malik Ibrahim Malang dikembangkan berdasarkan cita-cita mulia di kalangan akademisi dan cendekiawan muslim untuk membangun dan mewujudkan generasi muslim yang mampu membawakan citra Islam yang sejati, yang mencerminkan universalitas dan signifikansi Islam di tengah-tengah kehidupan umat manusia yang mendambakan kesejahteraan lahir-batin, kebahagiaan dunia-akhirat. Generasi yang ingin diwujudkan memiliki kecakapan membangun peradaban dengan berpegang teguh kepada prinsip hidup yang wajar dan unggul, seperti keadilan, kebenaran, kebaikan, kedamaian, persamaan, pluralitas, dan toleransi. Dalam konteks pendidikan, pencerminan Islam tersebut teraktualisasikan pada profil kepribadian muslim ideal yang seimbang antara aspek intelektualitas dan aspek moral-spiritual, sosial dan individual, dan mengabdi kepada agama, masyarakat, dan bangsa.
Paling tidak ada tiga alasan strategis yang mendasarinya, yaitu alasan ideologis, alasan filosofis, dan alasan sosio-psikologis. Secara ideologis, Islam merupakan agama serba-mencakup (all-sufficient), yang utuh, holistik, dan universal. Oleh karena itu, tidak selayaknya ada pemisahan antara ilmu agama dan ilmu pengetahuan umum, seperti halnya yang berjalan di dunia pendidikan dan persekolahan sekarang ini.
Mengingat pentingnya aspek kecerdasan intelektual diintegrasikan dengan kecerdasasan emosional dan kecerdasan spiritual, maka UIN Maulana Malik Ibrahim Malang sebagai Perguruan Tinggi Agama Islam Negeri membangun kerangka pengembangan keilmuan, akademik, dan kelembagaan yang selaras. Pengembangan ilmu pengetahuan yang dijejak oleh UIN Maulana Malik Ibrahim Malang —dalam hal ini Program Pascasarjana—adalah berupa ilmu pengetahuan berbasis Islam (Islam based-knowledge) dalam pengertian yang luas, yakni ilmu pengetahuan yang tumbuh dan berkembang berdasarkan ayat-ayat kawniyah (alam semesta, yang secara epistemologis dijangkau dengan instrumen observasi, eksperimentasi, dan penalaran logis) dan ayat-ayat qawliyah (al-Qur’an dan al-Hadis). Profil atau model pengembangan ilmu UIN Maulana Malik Ibrahim Malang digambarkan dalam bentuk ”Pohon Ilmu” yang memiliki akar, dahan, cabang, dan ranting. Secara akademis, UIN Maulana Malik Ibrahim Malang —dalam hal ini Program Pascasarjana—menekankan sistem akademik yang relevan dan kuat untuk mendukung terwujudnya pengembangan ilmu pengetahuan sebagaimana dimaksudkan serta mewujudkan SDM yang memiliki kepribadian, kemampuan, dan keterampilan yang dibutuhkan untuk pengembangan masyarakat menuju kemajuan dan kesejahteraan.
Dalam pengembangan kelembagaan, UIN Maulana Malik Ibrahim Malang —sejak berstatus STAIN—membuka Program Pascasarjana tingkat Magister (S2), yakni Magister dalam Ilmu Agama Islam pada tahun ajaran 1999/2000. Pembukaan program tersebut berdasarkan SK Menteri Agama RI No: 84 Th. 1999 tentang Penyelenggaraan Program Studi Pascasarjana (S-2). Pada Tahun 2005, UIN Maulana Malik Ibrahim Malang memperoleh izin pembukaan Program Studi Magister (S2) Manajemen Pendidikan Islam dan Pendidikan Bahasa Arab dengan SK Dirjen Kelembagaan Agama Islam Nomor: DJ.II/55/2005 Program Doktor (S3) dibuka mulai Tahun Akademik 2007-2008 setelah memperoleh izin dari Dirjen Pendidikan Islam Nomor: DJ/450/2006. Selanjutnya dikembangkan pula program studi-program studi lainnya untuk merespon dan memenuhi kebutuhan masyarakat, sehingga program studi yang diselenggarakan Pascasarjana UIN Maulana Malik Ibrahim Malang hingga saat ini meliputi:
Program Studi Magister terdiri atas 8 (delapan) Program Studi, yaitu:
Program Studi Doktor terdiri atas 6 (enam) Program Studi, yaitu:
